Östtimor är ungefär lika stort som Kuwait och ligger på ön Timor i den indonesiska övärlden. Den västra delen av ön var tidigare en holländsk koloni och tillhör Indonesien, medan Östtimor i mer än 400 år var en portugisisk koloni.
1974 avkoloniserade Portugal Östtimor, vars nybildade politiska partier började diskutera olika alternativ för landets framtid - federation med Portugal, självständighet eller integration med Indonesien. Den Timoresiska Demokratiska Unionen (UDT) var till en början för att behålla banden till Portugal, men gick sedan in i en koalition med den nationella befrielserörelsen Fretilin, och krävde självständighet. Fretilin hade ett snabbt växande folkligt stöd, och fick en överväldigande majoritet i de lokala val under internationell övervakning som den portugisiska administrationen genomförde som ett led i avkoloniseringsprocessen. Ett litet parti, APODETI, användes som ett verktyg för den indonesiska regimens propaganda för integration.
I likhet med USA oroade sig Indonesien över framväxten av en demokratisk stat med radikalt orienterad politik i området. De militära operationerna över gränsen från Västtimor fortsatte och den 7 december inleddes en invasion i full skala av Östtimor, med USA:s medgivande och uppmuntrade av bl a Australien. Östtimor förklarades som Indonesiens "27:e provins".

Invasionen och annekteringen har varit brutal: uppemot 200 000 personer, en tredjedel av befolkningen har dött som ett resultat av den indonesiska ockupationen, men majoriteten av befolkningen har inte låtit sig kuvas, en väpnad motståndsrörelse verkar fortfarande i bergen. Det civila underjordiska motståndet breder ut sig i städer och byar.
Trots att invasionen fördömts av en rad FN-resolutioner, har världssamfundet gjort lite eller inget för att genomdriva dem, på grund av USA:s, Japans och Australiens ekonomiska och politiska intressen i regionen. Under senare år har flera händelser, som ex vis massakern av 300 timoreser vid en sorgemarsch i Dili 1991, bidragit till att bryta Östtimors isolering och på nytt ställa konflikten i internationellt fokus.
Santa Cruz massakern har också tvingat regeringar runt om i världen att kritisera Indonesiens brutalitet och har gett ny kraft åt de diplomatiska ansträngningarna att få till stånd en lösning på den utdragna konflikten. Sedan 1983 har FN:s generalsekreterare i uppdrag av FN:s generalförsamling att söka en lösning. Med det förbättrade förhandlingsklimat som skapats efter kalla krigsslutet, ökar nu trycket på Indonesien att medverka till en lösning genom samtal med Portugal och Östtimors folk inom ramen för FN.